A fauna do Bioma do Cerrado é pouco conhecida, particularmente a dos Invertebrados. Seguramente ela é muito rica, destacando-se naturalmente o grupo dos Insetos. Quanto aos Vertebrados, o que se conhece são, em geral, listas das espécies mais freqüentemente encontradas em áreas de Cerrado, pouco se sabendo da História Natural desses animais, do tamanho de suas populações, de sua dinâmica etc. Só muito recentemente estão surgindo alguns trabalhos científicos, dissertações e teses sobre estes assuntos.
Entre os Vertebrados de maior porte encontrados em áreas de Cerrado, citamos a jibóia, a cascavel, várias espécies de jararaca, o lagarto teiú, a ema, a seriema, a curicaca, o urubu comum, o urubu caçador, o urubu-rei, araras, tucanos, papagaios, gaviões, o tatu-peba, o tatu-galinha, o tatu-canastra, o tatu-de-rabo-mole, o tamanduá-bandeira e o tamanduá-mirim, o veado campeiro, o cateto, a anta, o cachorro-do-mato, o cachorro-vinagre, o lobo-guará, a jaritataca, o gato mourisco, e muito raramente a onça-parda e a onça-pintada.
Excetuando-se a maioria das aves, segundo alguns autores a fauna do Cerrado caracteriza-se, em geral, pelos seus hábitos noturnos e fossoriais ou subterrâneos, tidos como formas de escapar aos rigores do tempo reinantes durante as horas do dia. Todavia, há autores que não concordam que isto seja uma característica da fauna do cerrado. Embora consideradas ausentes, espécies umbrófilas talvez ocorram no interior de cerradões mais densos, onde predomina a sombra e certamente sob o estrato herbáceo-subarbustivo. Segundo diversos zoólogos, parece não haver uma fauna de Vertebrados endêmica, restrita ao Bioma do Cerrado. De um modo geral estas espécies ocorrem também em outros tipos de Biomas. Todavia, entre pequenos roedores e pássaros existem diversos endemismos, a nível de espécies pelo menos.
Entre os Invertebrados, pesquisas futuras mostrarão seguramente muitas espécies endêmicas. Neste grupo da fauna merece especial destaque o Phylum Arthropoda e entre estes a Classe Insecta. Os cupins, insetos da Ordem Isoptera, Família Termitidae, são de grande importância seja pela sua riqueza em gêneros e espécies, seja pelo seu papel no fluxo de energia do ecossistema, como herbívoros vorazes que são e servindo de alimento para grande número de predadores (tamanduá, tatu, cobra-de-duas-cabeças, lagartos, etc.). Ordem de grande importância é a dos Hymenoptera, onde se destacam as Famílias Formicidae (formigas), como as saúvas (Gênero Atta) por exemplo, e Apidae (abelhas), esta última pelo seu importante papel na polinização das flores. Os gafanhotos (Ordem Orthoptera, Família Acrididae) também apresentam grande riqueza de espécies e significativa importância como herbívoros.
